巴南区地处长江南岸丘陵地带，地质地貌形态多样。从西向东形成有石马向斜、南温泉背斜、樵坪向斜、龙岗向斜、石油沟背斜、明月峡背斜、太和向斜、姜家背斜、清和向斜、丰盛背斜10个向斜和背斜。区境内出露的地层多为三叠纪、侏罗纪和第四纪3个纪14个组(层)。境中地势南高北低，起伏甚大，北部边缘的麻柳嘴镇华光村冉家湾海拔154米，为区的低点，东南边境的石滩镇方斗山海拔1132.60米，为高点。海拔500-1000米之间为低山地貌，依其构造分为背斜低山和向斜低山，境内除少数海拔高的山头外，一般均为1000米以下的低山，有云篆山、燕尾山脉、樵坪山、白庙子山、天井坪山脉、桃子荡山脉、茶坪山脉、丰盛山脉、石油沟山脉、太公山山脉、石岭岗山脉11座山和山脉。海拔200-500米之间为丘陵地貌，广泛分布于境内各个向、背斜问，分为低丘、中丘和高丘3类。海拔200米以下为河谷地貌，除河床外，其地貌组合主要有江心岛与沙洲、湿地和河漫滩3种类型。